Tuy nhiên, cuộc sống của người đẹp lại không mấy thuận buồm xuôi gió và may mắn như những hot girl khác. MC Thanh Vân kết hôn sớm với người chồng Tường Linh, rồi lại chia tay chóng vánh 4 năm sau đó. Sau khi ly hôn năm 2012, Vân Hugo trở thành một bà mẹ đơn thân với một cậu con trai khi còn rất trẻ.[6]

Chia sẻ về cuộc sống làm mẹ đơn thân, cô và con trai tham gia dự án âm nhạc MV "Single mom", buổi ra mắt MV diễn ra vào tối ngày 1/12/2014. Ca khúc Single Mom do Đức Anh Hugo - một người bạn của Thanh Vân sáng tác[7][8].

Mới đây trong chương trình “Ghế không tựa”, phát sóng ngày 22/11/2016 trên kênh VTV6, MC Thanh Vân Hugo đã chia sẻ và bộc bạch hết những khó khăn trong cuộc sống hiện tại của cô. Cô cho hay “Tất cả những gì khán giả nhìn thấy chỉ là bên ngoài của tôi thôi. Sự thật thì tôi bị nhược thị và một bên mắt không nhìn thấy gì nữa và không có cách nào chữa trị được. Trang điểm thì sẽ long lanh như thường nhưng một bên mắt đã hỏng hoàn toàn rồi“. Không chỉ có vậy, Thanh Vân còn mắc bệnh xơ thanh quản đã lâu, có một thời gian cô không nói được.

Ngày 18/05/2020, tại Đà Nẵng, Thanh Vân Hugo đăng ảnh nhẫn kim cương cùng bông hồng trên trang cá nhân kèm dòng chia sẻ: "Cuối cùng cô ấy cũng nói: ''Đồng ý''. Vân Hugo cho biết cô được bạn trai cầu hôn tối hôm đó sau hơn một năm tìm hiểu. Mối quan hệ của họ được bé Bin - con trai của Vân Hugo - và hai bên gia đình ủng hộ.[9]

Vào ngày 03/08/2020, Thanh Vân Hugo quyết định kết hôn với bạn trai doanh nhân và cùng bé Bin vào TP.HCM sống cùng người chồng mới. Anh là doanh nhân, hoạt động lâu năm trong lĩnh vực giáo dục nên đã hỗ trợ Vân Hugo rất nhiều trong việc mở trường mầm non. Vì Covid-19 diễn biến phức tạp nên Vân Hugo và bạn trai vẫn chưa tính chuyện tổ chức đám cưới. Thanh Vân Hugo vẫn duy trì việc kinh doanh ở Hà Nội. Hiện tại, cô còn dở vai nữ nhà báo trong phim "Lựa chọn số phận" của đạo diễn Mai Hồng Phong. Khi có lịch quay, cô sẽ bay ra để hoàn thành nốt. Được biết, bé Bin - con trai riêng của Vân Hugo rất hòa hợp với bố dượng.[10]